Высшим органом организации является Совет глав государств СНГ, в котором представлены все государства-члены и который обсуждает и решает принципиальные вопросы, связанные с деятельностью организации. Совет глав государств собирается на заседания два раза в год. Совет глав правительств СНГ координирует сотрудничество органов исполнительной власти государств-членов в экономической, социальной и иных областях общих интересов. Собирается четыре раза в год. Все решения как в Совете глав государств, так и в Совете глав правительств, принимаются на основе консенсуса. Главы двух этих органов СНГ председательствуют поочерёдно в порядке русского алфавита названий государств-членов Содружества.